Если вы вручную удалили логи из папки /var/www/ИМЯ_ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ/data/logs
То выполните эту команду, которая восстановит хардлинки на логи из папки /var/www/httpd-logs
perl -e 'my $USERNAME="ИМЯ_ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ";my @DOM=`ls /var/www/$USERNAME/data/www`; chomp @DOM; foreach (@DOM) { system("ln /var/www/httpd-logs/$_.access.log /var/www/$USERNAME/data/logs/$_.access.log && ln /var/www/httpd-logs/$_.error.log /var/www/$USERNAME/data/logs/$_.error.log"); }'
Если у вас файлы логов присутствуют на местах но логи туда не записываются удалите файлы логов из папки /var/www/ИМЯ_ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ/data/logs/ и затем запускайте скрипт он создаст хардлинки для логов автоматически.