Извлекаем архив с нашим сертификатом (внутри архив Apache)
В ISP Manager вставляем в такой последовательности
1. 2_site.ru.crt — сетификат сайта
2. site.ru.key — ключ, созданный программой StartSSL Tool
3. 1_root_bundle.crt — цепочка сертификата
Цепочка сертификатов StartSSL