В директории /etc/yum.repos.d создаем файл nginx.repo с содержимым
[nginx] name=nginx repo baseurl=http://nginx.org/packages/centos/6/$basearch/ gpgcheck=0 enabled=1
Запускаем обновление
yum update nginx
Перезагружаем nginx
service nginx restart
Даем чуток «ума» панели ))
cd /usr/local/ispmgr sbin/pkgctl -D -m ispmgr cache
Либо в Возможностях обновляем список ПО